《最强动漫狂想》中，拥有超过几十个大型副本，几十张原创精美的大型副本场景，在副本中，大家需要依靠自己的武将和实力，以及各种策略技巧，挑战剧情中的各路鬼怪，挑战隐藏在火影背后的魔手。

普通副本分为两种不同的据点，普通据点难度最低，只有一波敌人需要挑战。精英据点难度稍高，敌人较多。具有更高难度。

副本宝箱

副本的据点有一个宝箱。

每当通关一个关卡后，可以在当前关卡获得一颗星，当星数达到一定程度后，可以在当前的副本宝箱中领取宝箱奖励。宝箱奖励中拥有游戏中的珍贵道具。